Para empesar hacemos un respaldo de nuestro antiguo archivo de configuracion

cp /etc/my.cnf /etc/my.cnf_RESPALDO

El siguiente paso es consultar si tenemos la etiqueta key_buffer_size con el siguiente comando cat /etc/my.cnf | grep key_buffer_size

[Mysql@unidadlocal.com ~]# cat /etc/my.cnf | grep key_buffer_size
key_buffer_size=8M
[Mysql@unidadlocal.com ~]#

En este caso tenemos 8Megas de buffer
asi que procedemos a cambiar o agregar la linea en caso de que no exista.
Cuando se cambia una variable usando las opciones de arranque, los valores de la variable pueden darse con un sufijo K, M, o G para indicar kilobytes, megabytes, o gigabytes, respectivamente. Por ejemplo, el siguiente comando arranca el servidor con un tamaño de key buffer de 16 megabytes:

Editamos el archivo /etc/my.cnf y cambiamos los 8 Megas por 16 Megas

[mysqld]
datadir=/var/lib/mysql
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
old_passwords=1
key_buffer_size=16M

[mysql.server]
user=mysql
basedir=/var/lib

[mysqld_safe]
log-error=/var/log/mysqld.log
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid

Despues de esto reiniciamos el servicio de Mysql

[Mysql@unidadlocal.com ~]# service mysqld restart
Parando MySQL:                                             [  OK  ]
Iniciando MySQL:                                           [  OK  ]
[Mysql@unidadlocal.com ~]#

Y probamos si con este tamaño de bufer estan bien las consultas si es nesesario podemos cambiarlo
Nota:Es posible que si el servidor no tiene la suficiente memoria y la cantidad de consultas sea muy grande sea lento pues aora tomaremos mas memoria de buffer por query.